勃起功能障碍（ED）的生殖系统检查，主要观察阴茎大小，有无硬结及畸形等情况。正常人阴茎长为4.5~8.6厘米，直径2.1~3.1厘米，周径7~9.5厘米。
阴茎硬结又称阴茎海绵体纤维化，当以拇指和中、食指挤压阴茎海绵体时常可触及硬结，阴茎勃起时疼痛且偏向患侧，当病变累及两侧海绵体时可影响勃起功能。
尿道上裂、下裂表现为尿道开口异常。尿道下裂常伴有阴茎下弯畸形，轻度者龟头型下裂一般不影响勃起。而阴茎体部、会阴型下裂，因索条牵引不能伸直勃起，如在青春期前未手术矫正，会影响阴茎发育。
睾丸大小、硬度及位置需常规检查。正常成年男性睾丸长3.5~5.5厘米，宽2.1~3.3厘米。睾丸模型测量容积12~25毫升，阴囊内未触到睾丸需考虑隐睾、异位睾丸或先天性无睾症。睾丸容积<12毫升视为先天性发育不良或后天萎缩。双侧均小者，多为下丘脑、垂体及性腺本身病变，而单侧睾丸小常见局部因素影响，如外伤扭转、精索静脉曲张、隐睾、睾丸炎萎缩等。
